Сюжет:

Предыстория:

Действие происходит в альтернативной реальности, где 12 апреля 2008 года (тут есть противоречие — в самой игре приведена дата 12 апреля 2008, а на официальном сайте — 12 апреля 2006 года) в 14.33 произошёл второй взрыв на территории печально известной Чернобыльской атомной электростанции. Этот взрыв ознаменовал появление так называемой «Зоны», места, внутри которого появляются разнообразные аномальные явления, например, разнонаправленные гравитационные потоки силой более 100g. Сама история второго взрыва на бывшей ЧАЭС окутана мраком, и, желая расследовать эту ситуацию, правительство Украины посылает в Чернобыль войска. Однако их действия на территории зоны заканчиваются провалом.
В связи с провалом экспериментов, территория зоны была ограждена, построены блокпосты на главных точках подхода в Зону. Зона стала крайне охраняемым объектом.
Спустя некоторое время, с территории Зоны начинает приходить информация о мутировавших животных, о продуктах аномалий — так называемых артефактах («хабаре»), которые в прошлом являлись какими-либо привычными предметами. Попадая в аномалию, предметы приобретают уникальные свойства, например, если человек или животное попадают в аномалию «Карусель», из их тел могут получиться артефакты «Кровь Камня», «Ломоть Мяса» или «Душа», которые поднимают у людей уровень регенерации клеток. Однако новые клетки более молоды, и сильнее подвержены влиянию внешней среды.
Многие сорвиголовы, желая быстро заработать, начали проникать на территорию «Зоны», дабы добыть ценный артефакт и продать его учёным.
Спустя год на территории Зоны появились люди, на руках которых были татуировки в виде аббревиатуры «S.T.A.L.K.E.R.». Такую татуировку наносили в группе О-Сознание тем, кого они использовали в качестве своих невольных агентов. Как правило, это были люди, выполнявшие какое-либо задание для О-Сознания, внедренное им в подсознание. Данная группа породила среди человеческих обитателей Зоны легенду об «Исполнителе Желаний». Группа верила в коллективное сознание и работала над способом общения с ноосферой — информационной оболочкой Земли.
Итак, 2012 год. Главный герой — чудом уцелевший сталкер из «грузовика смерти» (используются для вывоза из центра Зоны тел погибших сталкеров и доставки, под таким прикрытием, агентов О-Сознания внутрь Зоны; такой грузовик обладает радиационным фоном, во много раз превышающим нормальные условия жизнедеятельности человека). Память главного героя стерта, а единственная зацепка — запись в КПК: «Убить Стрелка».

Концовки:

В игре существуют семь концовок. Достижение той или иной концовки определяется выбором и выполнением (либо невыполнением) различных заданий, а также некоторыми показателями игрока (количество денег, рейтинг-репутация).

«Власть» — хочет иметь власть над всем, и его душа уходит в монолит. Условие: убить лидеров группировок «Свобода» и «Долг» Лукаша и Воронина.
«Богатство» — с крыши сыплются гайки (сталкер, обманутый Монолитом, видит, как с неба сыпятся золотые монеты). В результате герой остаётся под завалом обломков крыши. Условие: игрок накопил много денег, больше 50 тысяч рублей, при этом лидеры группировок живы.
«Апокалипсис» — загадывает, чтобы человечество исчезло, так как само этого заслужило. Исчезает в темноте после серии галлюцинаций. Условие: очень низкая репутация — меньше 1000 (много убитых сталкеров), денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
«Чтобы зона исчезла» — загадывает, чтобы зона исчезла — показывают цветущий окружающий мир, но это иллюзия, герой слепнет. Условие: убить много монстров, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
«Бессмертие» — превращается в статую. Условие: репутация меньше 1000 (все задания, кроме основных, провалены), денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
«Присоединение к группе „О-сознание“» — присоединяется к группе «О-сознание» (создатели Зоны) и ложится в колбу. Условие: согласиться присоединиться к группе «О-сознание».
«Мир на земле» — Появляется возможность пройти дополнительный уровень, состоящий из цепочки участков на крышах строений у саркофага ЧАЭС, на которые главный герой попадает с помощью телепортов. По завершении пути, попадает в помещение, где расстреливает колбы, в которых находятся те, кто присоединился к группе «О-сознание», после чего зона исчезает и мир приходит в норму. Условие: дойти до самого конца игры, отказавшись от присоединения к «О-сознанию».